藥師儀軌一具
若欲入向道場者，先澡浴清净，以真言手印，灑净所換之衣。次以真言加持其衣而著。真言曰：
「唵微莾罗莎縛賀」
次即衣著。真言曰：
「唵鉢哩嚩罗多嚩曰里尼吽」
次飲水灑净。真言曰：
「唵摩诃入嚩罗吽」
次入向道場时，不起貪欲瞋恚等，專念本尊而住(住自他本清净，步步想踐連华徃)，次至道場門外灑净(云云)。
次香水灑身，以後称吽字三声，然後道場并观想圣众，遍滿道場，如影重之，不相妨礙。次入道場已，面向於本尊，合掌作礼，礼三部尊，及本尊已，舉頭諦观佛菩萨金刚像也。向佛陳说三世宿愆惡障，重懺本尊所，亦如是懺礼。偈曰：
「我从过去世，流转於生死，今對大圣尊，尽心而懺悔。如先佛所懺，我今亦如是，願承加持力，众生悉清净。以此大願故，自他獲无垢。」
次香水净三业。真言曰：
「唵萨嚩(二合)婆嚩輸馱萨嚩達麼萨嚩(二合)婆嚩」
輸度啥次定心已，作三部三昧耶。真言曰：
「唵怛他(引)蘖覩納婆(二合)縛(引)也娑嚩(二合引)诃」(佛)
「唵跛娜謨(二合)納婆(二合)縛(引)也娑嚩(二合引)賀」(蓮)
「唵嚩曰盧(二合)納婆(二合)縛也婆嚩(二合引)賀(引)」
(已上三部三昧耶)。
次遣除身中毘那夜迦。真言曰：
「唵阇波沒㗚帝賀囊迦囊吽泮吒」
次辟除诸障。真言曰：
「曩謨嚩日罗也吽賀囊莾他尾特夢婆輸𬧹罗也泮吒」(七遍)
次辟除诸物所有诸难(在多意云云)。真言曰：
「唵枳哩枳哩罗嚩嗟捺罗𤙖泮吒」(三遍)
次去垢。真言曰：
「唵枳哩枳哩嚩日罗𤙖泮吒」(七遍)
次清净。真言曰：
「唵尔囊尔迦」
次光澤。真言曰：
「唵帝誓帝惹徒尾寧徒提沙馱吽泮吒」(三遍)
次神分，次唱礼，一切恭敬。次供文，次四方四佛、四菩萨，次本尊称名三遍，次三部界会一切佛菩萨等，次驚觉。真言曰：
「唵嚩曰魯(二合用)底瑟吒(二合)吽」
(印者，二手各金刚拳，舒頭指，各頭側相柱二小指相交。每诵一遍，作印拳动)。
次九方便，至心归命：
「归命十方正等觉，三世一切具三身，归命一切大乘法，归命不退菩提众，归命诸明真實言，归命一切诸密印。以身口意清净业，慇懃无量恭敬礼。」
「归命顶礼藥師瑠璃光佛。」
次礼方便。真言曰(印者，以金刚部印，当额诵呪礼拜)：
「唵(引)(一)曩莫萨縛怛他(引)蘗多(二)迦(引)野弭縛(引)吃質(二合)多(三)縛日罗(二合)滿娜南迦嚕弭」
次至心归依，次真言(印者金刚合掌)，次施身方便了，归命顶礼，施身方便，真言如例。印者，金刚合掌，投身舒耳。若庄校投者，運心耳。次至心发願了，归命顶礼，发菩提心方便真言。次至心懺悔了，归命顶礼。次真言(印者，先金刚合掌，大指頭指舒著)。
次至心隨喜了，次归命顶礼，次真言(印者，金刚合掌)。次至心勸请了，次归命顶礼，次真言(印者，金刚合掌)。次至心奉请诵了，次归命顶礼，次真言(先作向清印，入內大指更出舌，頭指鉤召)。次至心回向诵了，次归命顶礼，次真言如例(印金刚合掌云云)。
次护身。真言曰：
「唵嚩日罗(二合引)𡁬儞(二合)嚩罗捻跛跢(二合引)也娑縛(二合)賀」
次大护身真言曰：
「唵入嚩罗囊也𤙖泮吒」
次被甲真言曰：
「唵度比度比迦也度比鉢罗入嚩里寧娑婆賀」
次結发。真言曰：
「唵蘇悉地羯哩莎嚩賀」
次結地界。真言曰：
「唵枳里枳里嚩日罗(二合)縛曰里(二合)部律(二合半音)滿馱滿馱吽发吒(半音)」
次結方隅金刚幡。真言曰：
「唵萨罗萨罗縛日罗(二合)伽罗吽泮吒(半音)」
次置宝座等。真言曰：
「唵毘莾嚕挪地𤙖」(三遍)
次阿者罗吽(三遍)：
「唵阿者罗微𭋸娑婆賀」(三遍)
「唵迦莾罗娑婆賀」(三遍)
「唵囊莾萨嚩怛他蘖哆南萨罗嚩他欠烏跢蘖帝娑破罗呬莾阇伽伽囊釰娑嚩賀」(三遍)
次「以我功德力，如来加持力，及以法界力，普供養而住。」
次大虛空藏普通供養真言并印：
「唵誐誐曩三(去)婆嚩嚩日罗(二合)斛(引)」
次遏伽以辨事真言持诵，後以部母呪呪之，置於左邊。
次部母。真言曰：
「娜牟婆伽婆都烏瑟尼沙耶唵盧盧娑普嚧若嚩罗帝瑟佗悉陀嚕者儞萨嚩罗他娑但儞莎诃」
次於宝座上，观本尊种子字，并結根本印(云云)。
次转字成本尊。真言曰：
「曩莫三滿多沒馱(引)南」
次欲请本尊，先執香爐，诵真言，净治空中道路。真言曰：
「唵蘇悉地迦里入嚩(二合)里多南多暮罗(二合)曳入嚩(二合)罗滿馱滿馱賀囊賀囊𤙖泮吒」
次发願啟白众。
次奉请本尊。更先想座已也，成就車輅，送本尊所(云云)。
宝車輅。真言曰：
「唵都嚕都嚕吽」
次请車輅。真言曰：
「娜麼悉底哩野(二合)地尾(二合)迦(引)南怛他(引)𮓌多(引)南(引)(一)唵嚩曰郎(二合)銀儞野(三合引)羯唎沙也(二合)莎诃」
次召请奉本尊。真真言曰：
「唵枳里枳里嚩日罗吽泮吒」(七遍)
次視三昧耶。真言曰：
「唵昇羯隸三莾烟莎诃」(七遍)
次奉閼伽。真言曰：
「唵藥乞私囊那也见捺罗達弩鉢捨莎诃」(三遍)
次奉蓮华座(诵三部真言獻，成用道用)：
「唵味罗味罗也莎诃」
「唵鉢那莾味罗也莎诃」
「唵縛日罗味罗也莎诃」
次陳善来世尊真言，持诵奉獻。
次結上方金刚網。真言曰：
「唵尾娑普(二合)罗捺落(二合)乞刃(二合)縛日罗(二合)半惹罗吽泮吒」
次上下方。
次火院真言曰：
「唵阿三莾擬儞吽泮吒」
次重結大界。真言曰：
「唵昇羯隸莾诃三摩焰莎诃」(七遍)
次奉塗香。真言曰：
「伊𠰢言馱輸婆儞微夜(二合)輸者也輸者輸者輸者也莾夜儞吠儞始薄訖底也(二合)鉢罗(二合)底仡㗚呬也鉢罗(二合)四椰𠰢唵阿賀罗阿賀罗萨罗縛尾儞夜達罗布尔帝莎诃」(七遍)
奉华真言：
「伊𠰢蘇莾囊素儞尾夜轮者輸輸者輸囊也莽夜寧唵伏儞多薄訖底(二合)夜鉢罗底仡㗚呬也鉢罗四挪𠰢唵阿賀罗阿賀罗萨罗縛尾儞夜達罗布尔帝莎诃」
奉燒香。真言曰：
「阿閻縛囊沙鉢底罗素賀㗚儞也健陀值也蘇罗部若曩莽夜寧吠儞始薄訖底夜度報閻鉢罗底仡㗚呬也难唵阿(去)賀罗阿賀罗萨罗縛尾儞夜達罗布尔莎诃」
奉食。真言曰：
「奧灑涕难罗素賀㗚(二合)他也(二合)𪾼灑涌多罗(二合)設怒麼里莽也寧唵吠儞始薄訖底夜(二合)鉢罗底仡呬也(二合)鉢罗四椰吽唵阿(去)罗賀阿罗賀萨罗縛尾儞夜(二合)達罗布尔帝莎诃」
奉燈。真言曰：
「罗訖蒭(二合)近曩(二合)灑者(二合)跛尾怛罗(二合)室者(二合)瞻謨尾曇莽曩(短名)輸婆莽夜寧吠儞始薄訖底夜(二合)儞報閻鉢罗底訖㗚(二合)呬也难唵阿路迦也萨罗尾儞夜(二合)達罗布尔帝莎婆賀」
次運心供養。以心運想，水陸诸华，无曰主所，遍滿虛空，尽十方界，及以人天。妙塗香云，燒香燈明，幢幡宝盖，种种鼓樂，歌舞妓唱，真珠罗網，懸诸宝領。髣白拂微妙声，鋒矜羯尼網。如意宝樹，衣服之云天。诸廚膳上，妙香美味。宮殿樓閣宝柱。庄严身頭冠瓔珞。如是等云，行者運心，遍滿虛空。以至誠心，如是供養，最为胜上。是故行者以決定心，而行此法。運心供養，诵持真言及作手印，如上所想皆悉成就。真言曰：
「唵萨罗嚩他龕搵娜𮓌帝娑頗罗呬門伽伽曩釰莎诃」(七遍)
次讚歎佛曰：
「摩賀(引)迦(引)抳嚕(引)建曩(引)貪(一)捨娑跢(二合引)蓝萨嚩吠(得微閉反引)儞(泥以反)南(二合)奔(浦閟反去)女(鼻音)娜地蠅(二合)𩄽拏(引)馱蓝(三)鉢罗(二合)拏(上)摩(引)弭怛他(引)誐眈(四)」(佛)
「唵罗儗野(二合)惹(引)曩南(引)秫(詩佛反)淡(一)戍婆(引)訥𮓌底(丁以反)謨(引)左釰(二本)播(引)罗沫体(他以反)迦謎(引)建躭(三)曩謎(引)達𤚥舍麼嚩憾(四)」(法)
「穆訖躭(二合)穆訖底(二合)播(引)他(引)鉢罗(二合)跛躭(二合引)誐乞灑(二合)野索(引)弭野(二)嚩(引)沙体(二合)躭乞灑(二合)怛览(二合)尾始瑟鵂𩄽(上)拏刎(无本反)(一)曩謎(引)僧(去)健左婆(引)嚩(上)跢(都各反)(四)」(僧)
「萨嚩母馱婆罗(二合)捨跢(二合引)野三勃哩(二合)跢(引)野𩄽隸𩄽览(二)阿嚩路(引)枳多僧(去)枳孃(二合)野(三)曩謨(引)𩕳髻摩賀答摩(二合)儞(四)」(菩萨)
「摩賀(引)摩攞(勤可反)野贊拏野(上)尾儞野(二合)罗惹(日罗反)野娑(引)馱吠(引准反)(二)訥难(上)多娜摩迦夜(引)(三)曩謨(引)悉帝嚩日罗(二合)播(引)拏(上)曳(引去)(四)」(金刚众)
「阿(引)演(引)覩泥嚩左誐素罗(一)紧那(上)罗那囉鑠迦罗(二合)那野(二)鉢罗(二合)嚩罗(二合)達麼蘖里(二合)多地伽罗(三)尾達麼左鉢罗(二合)捨麼操尔也(二合)(四)儞銘(二合)多部多銘多鉢罗(二合)迦捨夜(五)怛儞賀室罗(二合)摩拏也馱(引)𤚥(引)(六)(二合)」(诸天)
次发願，次散念诵。先礼三宝，次礼本尊，然後普礼诸佛。次持诵人先麻座、捺婆等座，謂跏趺、半跏贤麻座，令身端直。次把数珠。右三回转。次安珠二掌中顶戴(云云)，次結根本印，诵根本真言(七遍)。次念诵了，即顶戴珠，发願安置本处。次結根本印，诵根本真言(七遍)。次更奉塗香华燒香飯燈，次運心供養，次讚，次奉閼伽，次发願，次解界，次示三昧，及礼拜诸尊，次诵现在诸如来之偈，次奉送真言，次回九方便，次回向，次三部三昧耶，次护身，次护本尊等，次遍礼诸尊，然後去。当堂道場，任意经行。
小指檀慧(上左下右)无名指戒方(上左下右)中指忍願(上右下左)頭指進力(上左下右)大指禅智(上左下右)。
「善来尊者，善来尊者，由本願力，而来降赴。顧乘加持，授此请，并受我所辦诸供養，起大慈悲，唯垂納受。」
「现在诸如来，救世诸菩萨，不斷大乘教，到殊胜位者。唯願圣天众，決定證知我，各当隨处安，後时垂哀赴。」
終頌：
「我今念诵祕密呪，普通三界得清净，願我生中除业障，福德圓滿利有情，生生世世恒受持，四恩众生共成佛。」
藥師儀軌一具(終傳教大師將来)